El ambiente natural en Chiapas es extremadamente diverso debido a tres factores principales: su accidentada topografía, su consecuente diversidad climática, y el ser punto de convergencia de dos regiones biogeográficas: (la región paleártica y la región neotropical).
El territorio chiapaneco es una enorme placa de roca caliza fragmentada en diferentes puntos, fallada y plegada, por lo que su topografía es compleja. Su fisonomía la determinan dos grandes cadenas montañosas que la recorren con orientación Noroeste-Sureste. La primera de esas cadenas, la sierra Madre de Chiapas, corre casi paralela a la costa del océano Pacífico e incrementa su altitud desde aproximadamente los 1.000 msnm en los límites con Oaxaca hasta más de 2.000 msnm en la frontera con Guatemala. La otra cadena montañosa, la llamada Altiplanicie Central (también conocida como Macizo Central o, más comúnmente, como Los Altos de Chiapas), se desplaza por la parte central del estado. Proviene de Guatemala (Sierra de los Cuchumatanes) y desde ahí penetra en territorio mexicano, alcanzando sus máximas altitudes cerca de San Cristóbal de las Casas.
El clima del estado es consecuencia de esta topografía y presenta una gran variedad. En algunas partes bajas de la costa y en la depresión que se encuentra entre los Altos y la sierra Madre (el valle formado por el Río Grijalva) el clima es cálido y seco, con una temporada lluviosa corta (6 meses). La vegetación es de selva baja y espinosa o selva caducifolia en las vegas de los ríos. No obstante, buena parte de esta vegetación original ha sido sustituida por praderas para la cría de ganado bovino.
Selva Lacandona (Chiapas).
En cambio las partes bajas a sotavento de los vientos alisios, en el norte y NE de la entidad, reciben grandes cantidades de precipitación durante 8 o 10 meses del año, lo que aunado a las altas temperaturas favorece la presencia de la selva húmeda siempreverde (Selva Lacandona). Estas áreas forestales han sufrido fuertes impactos negativos debido a la introducción de ganado bovino o a prácticas no controladas de extracción de madera.
Las zonas elevadas de la Sierra y de los Altos difieren enormemente de las dos ecosistemas mencionadas. Debido a su altitud, atrapan el remanente de humedad que no se depositó en sus vertientes, por lo que tienen una estacionalidad marcada y característica. Sus inviernos son secos y muy fríos (con temperaturas por debajo de los 0 grados centígrados), mientras que los veranos tienden a ser templados y muy húmedos (7 u 8 meses de lluvia). La vegetación de estas regiones se ve dominada por bosques de coníferas (pino) en combinación con árboles de hoja ancha (encinos). Ambas cadenas cuentan con una de las cubiertas vegetales más hermosas del estado: el bosque nuboso. Aunque estos bosques prácticamente han desaparecido de los Altos, en la Sierra Madre está la Reserva de la biosfera El Triunfo, con más de 100.000 ha de bosque nuboso. La extracción de madera y las actividades agropecuarias (cultivo de maíz y cría de ganado ovino) han sustituido grandes extensiones de la vegetación natural.
La zona costera por su parte está compuesta de manglares y su clima es también tropical.
